《乐高超人总动员》除了电影中的内容，还将带来更多的剧情，玩家可以了解更多关于超人特工一家的故事。
第一章-采矿大师
剧情：超能先生一家刚看完一场球赛，可是采矿大师的钻头打破了这一片和谐，他表示要向和平宣战。
此时，超能先生一家只能马上换上战衣出战，而与巴小倩约会的汤尼发现了女友巴小倩是异能者，巴小倩未能详细解释，便要跟随家人的步伐去追击采矿大师。
step1.超能先生（爸爸）和弹力女超人（妈妈），赶上了采矿大师的钻头。
首先要学会如何战斗。
按H键进行普通攻击，击败3个矿工。
对晕眩的矿工，按H键发动乱舞攻击（终结技），打败矿工。
按住H键发动超级攻击，这是必杀技，能够瞬间击倒周遭的敌人。
按J键挑起，然后按H键，进行跳跃攻击，打倒5个矿工。
按K键抓起矿工，再按K键摔砸矿工，要用这种办法击倒5个矿工。
step2.及后失控的钻头撞毁了单轨列车的桥墩，酷冰侠及时出现，修复了一段桥面，才让单轨列车安全通过。
这时候切换新角色酷冰侠，对着钻头巨大齿轮按住K键，然后按W键，发动酷冰侠的冰钳能力，制造出一个巨大手掌令到齿轮紧急制动。
step3.随后钻头巨大齿轮出现崩裂的部分，切换为超能先生，可以按住W键，往前冲，将两个巨大齿轮撞破一个大窟窿。
step4.来到钻头驾驶舱前，让超能先生，撞破左侧小房间的墙，取得一个小工具。
而撞破右侧的小房间，则取得一些积木，拼凑后可以得到一架矿车。这架矿车只能作为载具使用，与任务无关。
step5.在钻头驾驶舱前，切换为弹力女超人。
按K键发动她的能力，将身子拉长，潜入到驾驶舱内。
在驾驶舱之中有一辆矿车堵住去路，弹力女超人只能摧毁矿车，然后操作控制台。
此时在超能先生和酷冰侠身旁会出现一辆矿车。
step6.摧毁新出现的矿车，就可以在地面上堆砌出一个投射台。
接着切换为弹力女超人，让她变成一个巨大橄榄球。
然后切换为她的丈夫超能先生，将弹力女超人投掷到高架桥上，好让弹力女超人警告过往的车辆立即停驶，这时候钻头摧毁桥墩，高架桥崩塌后没有造成过多的人员伤亡。
step7.然而此次的撞击，令到超能先生被压在钻头下方，现在就只能让超能夫妇的儿女巴小飞和巴小倩出马了。
他们首要的任务就是和酷冰侠一同救出三名市民。
首先切换为巴小倩，发动她的保护罩能力，然后切换为巴小飞，按K键让他进入到巴小倩的保护罩内，这样巴小倩就可以带同弟弟，淌过右侧的毒液。
接着，让巴小飞站在跑道（管道）的出发点，此时巴小飞一个加速就可以救下第一名市民
step8.救下老太天以后，卡车的货物就会跌落，摧毁这些货物（家具），切换为巴小倩，让她重组积木，获得一个砖块。
另外重组的积木也会形成一朵巨大的花朵，用来借助掉落的卡车司机，此时第二名市民也顺利获救。
step9.此时有一批矿工出现，巴小倩姊弟联手酷冰侠将他们干倒。
之后右手边有一辆小轿车飞入场景内，车内的人随后弹飞到钻头的窗户上。
此时，切换为酷冰侠，发动他的冰能力，搭建出一条滑梯，好让那名市民顺着滑梯安全落到地面。
另外，救出这名市民后，得到第二个砖块。
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