前言：虽然调查兵团囚禁了女巨人（亚妮·雷恩哈特），但却无法从包覆在坚硬水晶体重的她身上获得任何情报。另一方面，因为在作战中使得城墙崩落，因而发现了有巨人藏在城墙中。但知情的高层并未公开这个冲击性的事实。
另外，在执行女巨人捕获作战之前，调查兵团为了找出女巨人的共犯，将部分新兵隔离在罗塞之墙南方的设施当中。并命米可等老练的士兵监视他们。
剧情：在女巨人捕获作战中有所贡献的你，奉艾尔文之命，要向米可等人传达作战成功的消息，便单枪匹马前往隔离设施。但在那里，却又完全意向不到的状况在等着你。
在你抵达之前，一群巨人像似收到“命令”般冲向这所隔离设施。米可分队长立马命在设施内的成员立刻策马去疏散附近村落的居民。
正好你全副武装赶来，正好作为米可分队长的支援（其他被隔离的同学全员都没有携带武器和立体机动装置，这也导致了之后悲剧的发生），而其他同学都分头回到各自的村落疏散百姓。
step1.首先要在限时2分钟内击杀被标记的巨人。
敌人数量比较多，而且时间也紧迫，顺带一句就是从这一关开始，你的伤害量又要被削减，所以要频繁发动奇袭以及借助吉尔伽、纳拿巴、米卡的招式来快速消灭巨人。
当完成讨伐后，米可分队长会暂时脱离队伍。
step2.随后你需要护卫并援护104期生撤退。
只要将路上的巨人都清理掉即可，米可分队长去作为诱饵，所以这时间内的巨人并不多，加上有纳拿巴、吉尔伽的支援，还是很轻松的。
step3.及后吉尔伽建立了一个Lv3据点，可这样就引来了一批奇行种，虽然他说要避开巨人，但他们会阻挡104期生的去路，所以你也不得不除掉这些包围据点的巨人。
之后会出现一只大型奇行种，与纳拿巴、吉尔伽联手就可以快速除掉他。
step4.随后护送同学们走到野外，期间必须在途径的位置设置据点，一共要设置3处。
每处据点附近都有两三头巨人需要你解决，否则同学们都不会前进。
在采石场内会出现大型奇行种，在附近可以建立4处炮塔，就用炮塔将他轰死，之后面对奇行种BOSS也是用这办法。
副任务01、02、03、04
step5.及后要与米可分队长汇合，但先去到野外完成两个副任务，解救未及时疏散的村民。
与米可分队长汇合后与他一同去讨伐大型奇行种，击杀这敌人后，米可分队长又会暂时离开.
之后你又要再疏散2批居民，以及消灭三只大型奇行种。
剧情：米可分队长遇到了兽之巨人，这巨人居然是有智慧并且能说话，他夺走了米可分队长的立体机动装置，并且杀害了他。
在米可临死前，他一直信奉的名言，在他临终前亦未能贯彻执行（当人类放弃战斗时就是败北时，只要还肯奋战就不算输），毕竟对手不仅实力强大，还可以命令周遭的巨人，面对如此一个敌人，米可只能束手就擒…
step6.完成主线流程去到临时营地可以与纳拿巴、吉尔伽增进感情。
19游戏网整理报道